La Infraestructura del Puerto Chacabuco se emplaza sobre un área total aproximada de 6,4 hectáreas, la cual se encuentra operativamente dividida en dos zonas: una zona consistente en Muelles Convencionales Multipropósitos y otra destinada al Terminal de Transbordadores.
Muelles:
Se denomina así a la zona en la cual se efectúan todas las faenas relacionadas con la atención de las naves convencionales (graneleras, reefers, portacontenedores, pesqueros industriales). En esta zona existen 3 muelles con 5 sitios de atraque en total.
Se destaca en esta zona el muelle N° 1, el que con una longitud de 71.5 metros de frente de atraque y un dolphin de apoyo hacia el sur a 42,5 metros, genera un frente de atraque de 114 metros. Este es el principal muelle de esta zona, por el cual se atienden las naves comerciales del tipo metaleras, refrigeradas, portacontenedores, turísticas y naves pesqueras. Actualmente se encuentra habilitado para atender naves de hasta 190 mts. de eslora, con 9,6 mts. de calado. Este muelle constituye el sitio N° 1 del puerto, que representa el sitio comercial de mayor relevancia para el terminal portuario.
El otro muelle que sigue en importancia es el Muelle N° 2, obra construida en base a una estructura metálica con rodado de madera, el cual dispone de 3 sitios de atraque para embarcaciones de distinto tipo. El principal uso de este muelle se da por parte de naves pesqueras, utilizándose también por naves de pasajeros y eventualmente por portacontenedores.
Finalmente en esta zona disponemos de un Muelle Flotante, consistente en un cajón de hormigón flotante que genera 2 frentes de 24 metros cada uno y un frente de 12 metros. En el último tiempo ha aumentado considerablemente la demanda por este muelle, utilizándose actualmente por parte de embarcaciones turísticas, por pesqueros menores, por lanchas de bahía, entre otros. En esta infraestructura operan además las naves que la Autoridad Marítima dispone en Puerto Chacabuco para el cumplimiento de sus labores de Policía Marítima y de Seguridad de la Navegación y de la vida en el mar.
Almacenes:
En esta zona se emplazan dos almacenes para el acopio de mercacías, uno ubicado frente al muelle N° 1 con 2.100 m2 y el otro frente al muelle N° 2 con 2.340 m2. Actualmente se utilizan para el depósito de concentrados de minerales y alimento para salmones.
Explanadas:
Como área de respaldo de los muelles 1 y 2, se cuenta con una explanada pavimentada de 4.000 m2 para el depósito de contenedores y al parqueo de camiones, entre otros fines.
El terminal de transbordadores conforma el denominado sitio N° 5, el que está construido en base a cinco celdas cilíndricas de tablaestacas planas de acero, que en conjunto conforman un frente de 44 metros. El frente se divide en 5 rampas de atraque a diferentes niveles, las que son utilizadas por los transbordadores según sea el nivel de marea del momento. Por este terminal se transfieren los vehículos de carga y vehículos livianos de la ruta Puerto Montt - Puerto Chacabuco y Laguna San Rafael.
Este terminal cuenta con un área de respaldo inmediata de ripio, de aproximadamente 4.000 m2, principalmente para el parqueo vehicular relacionado con los embarques y desembarques desde los transbordadores.